1901년 자연사박물관으로 개관하였다. 마닐라의 변천과정을 비롯하여 필리핀의 고대부터 현대까지의 역사와 문화를 시대별, 지역별로 살펴볼 수 있는 유물과 자료를 전시하고 있다.
현재의 건물은 옛 필리핀 상원의회의 건물로 1918년 미국의 건축가 다니엘 번햄(Daniel Burnham)이 설계하였다. 박물관은 마닐라 시내의 리잘공원(Rizal Park) 근처 부르고스거리(Brugos St.)에 있다. 필리핀의 역사적 자료를 많이 전시하고 있어 ‘필리핀 사람들의 박물관(Museum of the Filipino Peoples)’이라고도 알려져 있다.
필리핀에서 발굴된 선사시대의 유골과 필리핀 역사를 엿볼 수 있는 유물, 기원전 9~8세기경의 선박, 이슬람 문화와 관계된 자료, 민속 공예품, 마닐라의 중세도시의 모습과 당시의 생활상을 묘사하는 다양한 유물과 사진 등이 전시되어 있다. 특히 중세 해상무역이 활발하던 시기인 1600년대 침몰한 스페인 갈레온선을 복원하여 전시하고 있다. 칼라타칸과 타본(Tabon)의 동굴에서 나온 호모사피엔스 유골과 후안 루나(Juan Luna)의 그림 ‘Spoliarium’을 포함하여 필리핀화가들의 그림이 전시되어 있다.
