에도[] 시대 시나노쿠니[] 다카토번[, 현재 나가노현 이나시]의 다이묘[] 저택이었으며, 전체 면적은 58만 3천 ㎡이다. 정원 안에는 일본 정원, 영국 풍경 정원, 프랑스식 정원과 1만 그루의 수목이 있다.

1879년 신주쿠식물어원[宿]이 설치되어 황실 정원으로 궁내성()이 관리하였는데, 제2차 세계 대전 이후 일반에 공개되었다. 이후 환경성() 관할의 국민공원이 되었으며, 2006년 신주쿠교엔으로 개명되었다.

1958년에 완성한 대형 온실에는 다양한 온실 식물이 갖춰져 있는데, 당시로서는 동양에서 가장 큰 규모였다. 다마모 연못[]을 중심으로 배치된 회유식() 일본 정원은 1772년에 완성된 것이다. 1,300그루의 벚꽃이 피는 봄에는 벚꽃 구경, 가을에는 단풍 구경으로 많은 관람객이 찾는다. 일본 애니메이션 <언어의 정원(The Garden of Words>의 촬영지이기도 하며, 일본 벚꽃 명소 100선에도 선정되었다.