1912년 제122대 왕인 무쓰히토(메이지)가 사망하고 1914년 왕비 쇼켄[]이 사망한 후 두 사람을 기리기 위해 1915년 건설을 시작하여 1920년 11월 1일 창건하였다. 신궁()은 역대 일본 왕을 기리는 신사로, 다른 신사보다 높게 친다.

건물은 주로 일본산 편백나무와 구리를 주재료로 사용하였으며 1926년 공식적으로 공사가 끝났다. 본래의 건물은 제2차 세계대전 중 공습으로 무너졌고 새로운 건물을 짓기 시작하여 1958년 10월 완공하였다. 면적 70만㎡의 인공 삼림지역에 자리 잡고 있는데, 365종 12만 그루의 나무들은 모두 신사 건립 당시 일본 전역에서 사람들이 헌정한 것이다. 숲속에는 3개의 참배길이 나 있다.

신사는 크게 나이엔[]과 가이엔[]의 두 지역으로 나누어지는데, 안쪽 구역인 나이엔은 신사 건물들과 박물관이 몰려 있다. 바깥 구역인 가이엔에는 메이지기념미술관, 신도()식 결혼식을 치를 수 있는 메이지기념홀 외에 국립스타디움을 포함한 다양한 운동시설이 있다. 도쿄 시민의 정신적 고향인 동시에 도심에 자리 잡고 있어 휴식을 위해서도 많은 사람이 찾는다.